Não terá a ver com o problema informático que houve há dias? Hoje ainda encontra lá este aviso:

Obrigada, mas já confirmei que não seria esse o problema, pois da AMA confirmam que enviam sms. Por exemplo ao utilizar o Noona que são basicamente marcações online super simples, para confirmar reserva enviam sms, também não recebo desse serviço

Então não há razão aparente para não dar. Tem que ver com o apoio técnico. Não sei se poderão ajudar. Será uma situação muito pontual. Não há mais nenhum queixa recente. 

Também não estou a conseguir

Na indisponibilidade.ama.gov.pt diz que os serviços foram restabelecidos.

Aqui consigo fazer autenticação sem problemas. E também recebo o SMS com o código de segurança em poucos segundos. 

Sim, também já consegui.

Tinha colocado o PIN errado e pensei que fosse um problema na CMD.